Um das Jahr 1000 bestand im Ohrnwald eine Zelle, von der wahrscheinlich gemacht wurde, dass  sie mit Kupferzell gleichzusetzen ist und die im Stift Öhringen aufgegangen sein könnte. Da der in zwei Urkunden von 1236 genannte Dekan H. de Celle wohl auf Kupferzell zu beziehen ist, muss  sich in Anlehnung an die Zelle nach 1000 eine Siedlung entwickelt haben. Der Ortsname lautet im Spätmittelalter stets Celle, eine nähere Lokalisierung gibt der Zusatz "uf dem Ornwaldt", so z.B. 1352 in einem Diplom von Gnadental. Erst im 15. Jahrhundert kommt der heutige Name nach der Ortslage an der Kupfer auf.

Wahrscheinlich besaß der grundbesitzende Adel in Kupferzell auch Herrschaftsrechte, die mit dem Grundbesitz im späteren Mittelalter an Hohenlohe kamen. Schon im 14. Jh. hatte Hohenlohe namhaften Besitz in Kupferzell, der aber teilweise an die Ritter von Bachenstein (1451) und die Herren von Enslingen verliehen oder an Haller Patrizierfamilien verpfändet war. Daneben hatten auch die Herren von Tullau (1409), von Adelmann, von Kubach und von Rinderbach Güter. Einiges kam im Spätmittelalter an Kloster Gnadental, Spital und Stift Öhringen, das meiste an die Grafen von Hohenlohe, die in der Reformation auch die geistlichen Besitzungen unter ihre Verwaltung brachten. Der Besitz der Johanniterkommende Hall, der im frühen 15. Jahrhundert mehrere Güter umfasste, ging vor 1682 bis auf unbedeutende Reste verloren. Bei der Landeshauptteilung kam Kupferzell 1553 an die Linie Hohenlohe-Waldenburg, die hier ein Amt einrichtete, zu dem Künsbach, Rüblingen, Feßbach, Kubach, Ulrichsberg, Belzhag mit Schafhof, Hesselbronn, Bauersbach, Einweiler, Eschental und ein Teil von Rechbach gehörten.

Bei der Landesteilung von 1615 innerhalb des Hauses Waldenburg kam das Amt an die Linie Hohenlohe-Waldenburg, nach deren Aussterben 1679 gehörte es ab 1684 zur Grafenlinie Hohenlohe-Waldenburg-Schillingsfürst. 1721 bis 1729 ließ Graf Philipp Ernst hier ein Schloss errichten und Kupferzell wurde Residenz. Kupferzell blieb Residenz bis zur Mediatisierung 1806 und noch bis 1884  wohnte die fürstliche Familie im hiesigen Schloss. Da die Grafen- bzw. Fürstenlinie eine katholische war, wurde die Niederlassung zahlreicher Glaubensgenossen ermöglicht. So entstand links der Kupfer die so genannte Vorstadt. Seit 1719 fand in Kupferzell katholischer Gottesdienst statt. Ab 1726 war der Gottesdienst in der neu entstandenen Schlosskapelle, bis 1902 eine katholische Kirche erbaut wurde.